Profundidad superior a 300x
El elevado número medio de lecturas aumenta la capacidad de investigar variantes de baja frecuencia en el exoma nuclear.
Exoma de alta profundidad
NeoExoma Mosaico: análisis de variantes en baja proporción.
NeoExoma Mosaico utiliza secuenciación de alta profundidad para investigar los cambios presentes en una pequeña proporción de células. Los hallazgos relevantes se someten a una confirmación específica.
- Muestras aceptadas
- Sangre periférica, Hisopo bucal, Biopsia de tejido afectado (preferido), ADN extraído
- Plazo e inicio del cómputo
- 20 a 40 días naturales, después de la aceptación de la muestra
- Solicitud médica
- Necesaria. Ver requisitos y límites.
Por qué importa la profundidad
Una variante en mosaico puede aparecer como una señal discreta.
En el mosaicismo, el cambio aparece después de la fertilización y no está presente en todas las células. Cuanto menor sea su proporción en la muestra, mayor será el desafío de diferenciarlo de un artefacto técnico.
Validación superior a 2000x
Los candidatos relevantes con una frecuencia de alelos superior al 5 % sroceden a la PCR y a una resecuenciación de alta profundidad.
El tejido es parte de la estrategia
Cuando el mosaicismo está restringido, una muestra clínicamente afectada puede ser más informativa que la sangre o un hisopo bucal.
*Confirmación específica para candidatos dentro de los criterios técnicos del examen. La sensibilidad depende de la fracción alélica, región, calidad y tejido analizado.
Indicación clínica
¿Cuándo considerar NeoExoma Mosaico?
La hipótesis gana fuerza cuando las señales son segmentarias, asimétricas, focales o restringidas a un tejido.
01
Crecimiento excesivo segmentario
Macrodactilia, diferencia de extremidades, crecimiento focal o sospecha de espectro PROS/PIK3CA.
02
Malformaciones vasculares
Lesiones venosas, linfáticas, capilares o afecciones mixtas de distribución localizada.
03
neurología focal
Malformaciones corticales, hemimegalencefalia, epilepsia focal o hallazgos asimétricos.
04
Síndromes neurocutáneos
Lesiones cutáneas segmentarias, esclerosis tuberosa con prueba previa negativa o formas focales de enfermedades mendelianas.
05
Síndrome VEXAS
En personas con sospecha clínica, la prueba puede contribuir al diagnóstico molecular investigando variantes somáticas en UBA1, según la muestra y criterios técnicos.
Muestra basada en casos
El tejido analizado puede definir la posibilidad de encontrar la señal.
Una variante restringida a la piel, los vasos, los huesos o el cerebro puede estar ausente o estar por debajo del límite de detección en sangre o hisopos bucales. La recolección de tejido afectado depende de la indicación y la viabilidad clínica.
El examen investiga
SNV y pequeños indeles en el exoma nuclear.
- Línea germinal y variantes candidatas en mosaicismo en las regiones codificantes evaluables.
- Pequeñas inserciones y eliminaciones de hasta 20 pares de bases, según el alcance técnico.
- Clasificación según criterios aplicables de ACMG y ClinGen.
Límites importantes
No todas las formas de mosaicismo están al alcance de la mano.
- Las CNV y el genoma mitocondrial no forman parte del análisis estándar NeoExoma Mosaico.
- Es posible que las regiones no codificantes, los pseudogenes, la alta homología y las repeticiones no se evalúen adecuadamente.
- Las expansiones, inversiones y translocaciones requieren otra metodología.
- Un resultado negativo en sangre o hisopo bucal no excluye una variante restringida al tejido afectado.
Seguimiento después del resultado
Infinity VUS
Todas las pruebas de NeoGenomica incluyen Infinity VUS para seguir las variantes de significado incierto informadas. Cuando se confirma una reclasificación relevante tras una revisión especializada, se comunica al médico y el informe puede actualizarse.
Entender los resultados e Infinity VUSProceso de la prueba
De la hipótesis a la confirmación.
Un flujo de alta profundidad que comienza con la elección de la muestra y termina con la interpretación clínica de los hallazgos.
-
01
Discusión de la nominación.
La hipótesis del mosaicismo, el tejido afectado y la VAF esperada guían la estrategia.
-
02
Definición de muestra
Sangre, hisopo bucal o tejido afectado, según indicación y viabilidad clínica.
-
03
Secuenciación por encima de 300x
El exoma nuclear se analiza en profundidad y se somete a control de calidad.
-
04
Confirmación por encima de 2000x
Los candidatos relevantes dentro de los criterios técnicos son validados mediante PCR y resecuenciación.
-
05
Informe clínico
El resultado reúne clasificación, límites técnicos, contexto de muestra y Infinity VUS.
Preguntas frecuentes
Antes de definir la muestra.
¿Qué es el mosaicismo?+
Es cuando aparece una variante después de la concepción y solo está presente en una parte de las células. Su fracción en la muestra puede ser menor y requerir mayor profundidad para la investigación.
¿Cuál es la diferencia con un exoma convencional?+
NeoExoma Mosaico utiliza una profundidad promedio superior a 300x y un protocolo de confirmación superior a 2000x para candidatos dentro de los criterios técnicos, lo que aumenta la capacidad de evaluar señales de baja frecuencia.
¿Qué muestra se debe enviar?+
Depende de la hipótesis. La sangre o un hisopo bucal pueden ser apropiados cuando la variante se encuentra en estos tejidos. En condiciones localizadas, el tejido afectado puede ser más informativo cuando su recolección está indicada y es factible.
¿Un resultado negativo descarta el mosaicismo?+
No necesariamente. La variante puede estar por debajo del límite de detección, fuera de las regiones analizadas o ausente en la muestra analizada. El resultado debe interpretarse según el fenotipo y el tejido.
¿El examen detecta CNV, ampliaciones y variantes estructurales?+
Las CNV no forman parte del análisis estándar. El examen tampoco es la metodología elegida para expansiones, inversiones, translocaciones o regiones no codificantes.
Muestra e indicación
Discuta el caso antes de la recolección.
La hipótesis, el tejido afectado y la fracción alélica esperada guían la elección del material y la interpretación del resultado.
Información de la prueba
Datos técnicos de NeoExoma Mosaico
Método, alcance, requisitos y limitaciones
Estrategia para investigar variantes presentes en baja proporción en la muestra analizada.
- Aplicaciones
- Enfermedades raras y hereditarias., Mosaicismo
- Muestras aceptadas
- Sangre periférica, Hisopo bucal, Biopsia de tejido afectado (preferido), ADN extraído
- Plazo estimado
- 20 a 40 días naturales, después de la aceptación de la muestra
- Metodología
- Exoma nuclear con profundidad media superior a 300x y confirmación superior a 2000x mediante PCR y resecuenciación para candidatos en los criterios técnicos.
- Alcance analítico
- SNV y pequeños indeles de hasta 20 pares de bases en el exoma nuclear; Los candidatos relevantes con una fracción alélica superior al 5% se someten a una confirmación específica.
- Solicitud médica
- Requerida
Requisitos
Discusión previa de la hipótesis clínica, el tipo de muestra, la fracción alélica esperada y la viabilidad clínica de obtener la muestra.
Limitaciones
Las CNV y el genoma mitocondrial no se incluyen en el análisis estándar. Las regiones no codificantes, los pseudogenes, la homología, las repeticiones, las expansiones, las inversiones y las translocaciones requieren otro método.
Información complementaria
La sensibilidad depende de la fracción alélica, región, calidad y tejido analizado. Un resultado negativo en sangre o hisopo bucal no excluye una variante restringida al tejido afectado.
