Tres clases de alteración en el ADN
Variantes de secuencia, alteraciones del número de copias y fusiones o reordenamientos detectables en el ADN, en las regiones capturadas por el panel.
CGP Oncología de precisión
Alteraciones somáticas en 560 genes asociados al cáncer, además de TMB y MSI, a partir del ADN del tejido tumoral. Las alteraciones se clasifican según su significado clínico para apoyar la elección de terapias dirigidas, inmunoterapia y ensayos clínicos.
Vea lo que analiza el examenAlcance clínico
Clases de alteración que suelen requerir pruebas separadas se evalúan en el mismo ensayo, a partir del ADN extraído del tejido tumoral.
Variantes de secuencia, alteraciones del número de copias y fusiones o reordenamientos detectables en el ADN, en las regiones capturadas por el panel.
La carga mutacional tumoral se calcula sobre la región codificante con cobertura adecuada en la propia muestra. La inestabilidad de microsatélites se evalúa en loci dedicados del panel.
Las alteraciones se clasifican según las guías AMP/ASCO/CAP, para apoyar decisiones sobre terapias dirigidas, inmunoterapia y ensayos clínicos.
Uso clínico
El resultado debe ser interpretado por el médico tratante junto con los datos clínicos e histopatológicos. La indicación de terapias depende del tipo tumoral, de las aprobaciones regulatorias vigentes y del juicio clínico.
Identificación de alteraciones que pueden orientar la elección de terapias dirigidas, según el tipo tumoral.
TMB y MSI están entre los biomarcadores considerados en la evaluación de la inmunoterapia.
Alteraciones clasificadas que pueden apoyar la búsqueda de ensayos clínicos.
Alteraciones con significado diagnóstico o pronóstico, según el contexto del tumor.
Alcance y límites
El panel cubre las regiones codificantes de 560 genes asociados al cáncer, con contenido adicional para fusiones, número de copias y microsatélites.
El análisis considera
Limitaciones importantes
Cómo interpretar TMB y MSI: la TMB se considera alta a partir de 10 mutaciones por megabase, umbral adoptado en la aprobación del pembrolizumab por la FDA para tumores sólidos con TMB alta. La MSI se clasifica como MSI-H (alta inestabilidad) o MSS (estable).
Contenido del panel
Símbolos génicos aprobados por el HGNC, en orden alfabético, según el contenido técnico vigente del panel.
Elección del examen
Ambos analizan el tumor con el mismo panel de 560 genes. El Neo360 añade la predisposición hereditaria al cáncer y la farmacogenómica, en un informe integrado.
| Característica | NeoPainel Somático | Neo360 |
|---|---|---|
| Muestras | Tumor: bloque de parafina (FFPE) o ADN extraído | Tumor y muestra germinal: sangre, hisopo bucal o ADN |
| Perfil somático del tumor | 560 genes, TMB y MSI | 560 genes, TMB y MSI |
| Predisposición hereditaria al cáncer | No incluida | 106 genes, a partir del genoma completo |
| Farmacogenómica | No incluida | 6 genes y 12 medicamentos |
| Informe | Perfil somático del tumor | Informe integrado en tres partes |
Por qué importa el análisis germinal: sin muestra normal pareada, una variante encontrada en el tumor puede ser germinal. Las variantes con frecuencia alélica cercana al 50% o al 100% en genes de predisposición hereditaria deben confirmarse en una muestra no tumoral, con asesoramiento genético. El Neo360 incluye este análisis para 106 genes de cáncer hereditario.
Proceso de la prueba
Un flujo único para el perfil molecular del tumor, de la solicitud a la interpretación.
La solicitud informa el tipo tumoral y los datos clínicos que orientan la interpretación.
Bloque de parafina con el área tumoral seleccionada por el patólogo, o ADN extraído del tumor.
Captura híbrida, secuenciación y análisis de variantes, número de copias, fusiones, TMB y MSI.
Alteraciones clasificadas por relevancia clínica, con biomarcadores y limitaciones técnicas.
Preguntas frecuentes
Bloque de parafina (FFPE) con tejido tumoral, con el área tumoral seleccionada por el patólogo, o ADN extraído del tejido tumoral. El equipo orienta el envío del material.
No es su objetivo. El examen analiza solo la muestra tumoral, sin muestra normal pareada, y las variantes germinales pueden no distinguirse con seguridad. Los hallazgos sugestivos en genes de predisposición deben confirmarse en una muestra no tumoral, con asesoramiento genético. El Neo360 incluye el análisis germinal.
La carga mutacional tumoral (TMB) estima el número de mutaciones somáticas por megabase del ADN del tumor y se considera alta a partir de 10 mutaciones por megabase. La inestabilidad de microsatélites (MSI) clasifica el tumor como MSI-H o MSS. Ambas son estimaciones de panel.
No. Las fusiones y los reordenamientos se evalúan en el ADN, en las regiones intrónicas capturadas de 14 genes. El examen no evalúa la expresión del transcrito y no sustituye el análisis por ARN, FISH o inmunohistoquímica, cuando esté indicado.
15 días naturales, después de la aceptación de la muestra .
Sí. El tipo tumoral y los datos clínicos e histopatológicos orientan el análisis y la interpretación de las alteraciones encontradas.
Siguiente paso
Orientamos sobre el material, la documentación y los límites del NeoPainel Somático antes del envío.
Información de la prueba
Perfil genómico integral del tumor: alteraciones somáticas en 560 genes asociados al cáncer, además de TMB y MSI, a partir del ADN del tejido tumoral.
ABL1, ABL2, ABRAXAS1, ACVR1, ACVR2A, ADGRA2, AFF3, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, AMER1, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR, ARAF, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATAD5, ATF1, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD3, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, CALR, CAMTA1, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CNBD1, CNTNAP2, COP1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSMD3, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNA2, CTNNB1, CTNND2, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCC, DDB2, DDR2, DDX41, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, E2F3, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELOC, EML4, EMSY, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FAT1, FAT3, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT, FIP1L1, FLCN, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPC5, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H1-2, H2BC5, H3-3A, H3-3B, H3-4, H3-5, H3C10, H3C11, H3C12, H3C13, H3C15, H3C2, H3C3, H3C4, H3C6, H3C7, H3C8, HGF, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAD2L2, MAGI2, MALAT1, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLH3, MLLT3, MPL, MRE11, MSH2, MSH3, MSH4, MSH5, MSH6, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUC16, MUTYH, MYB, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, MYOD1, NAB2, NBEA, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NSD2, NSD3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK5, PALB2, PARP1, PARP2, PARP3, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFB, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2A, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRKN, PRSS8, PSIP1, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RET, RGS7, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROBO1, ROBO2, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCF3, TCF7L2, TEK, TENT5C, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TRRAP, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VAV1, VEGFA, VHL, VTCN1, WRN, WT1, XIAP, XPO1, XRCC1, XRCC2, XRCC3, XRCC5, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2
Solicitud médica con el tipo tumoral y la información clínica e histopatológica. Bloque de parafina (FFPE) con tejido tumoral, con el área tumoral seleccionada por el patólogo, o ADN extraído del tejido tumoral.
Análisis solo de la muestra tumoral, sin muestra normal pareada: las variantes germinales pueden no distinguirse con seguridad de las somáticas. Las variantes con frecuencia alélica cercana al 50% o al 100% en genes de predisposición hereditaria al cáncer deben confirmarse en una muestra no tumoral, con asesoramiento genético. La sensibilidad depende de la fracción de células tumorales, de la cantidad y la calidad del ADN y de la cobertura obtenida. Las muestras con baja fracción tumoral o ADN degradado pueden generar resultados falsos negativos, en especial para variantes subclonales de baja frecuencia alélica y para alteraciones del número de copias. La fijación en formalina puede generar artefactos de secuenciación; las variantes de baja frecuencia alélica se interpretan con cautela. Las fusiones y los reordenamientos se evalúan solo en el ADN y en las regiones intrónicas capturadas: el examen no detecta todas las fusiones posibles, no evalúa la expresión del transcrito y no sustituye el análisis por ARN, FISH o inmunohistoquímica, cuando esté indicado. Las alteraciones del número de copias se evalúan con mayor resolución en los genes con enriquecimiento de sondas; las deleciones pequeñas, las regiones de baja cobertura y las ganancias de bajo nivel pueden no detectarse. TMB y MSI son estimaciones obtenidas a partir de un panel de genes; sus valores no son directamente intercambiables con los de otros métodos o paneles. El examen no evalúa alteraciones epigenéticas, variantes fuera de las regiones capturadas, expansiones de repeticiones ni reordenamientos balanceados fuera de las regiones diana.
La clasificación clínica refleja el conocimiento científico disponible en la fecha de liberación del informe y puede revisarse. El resultado debe ser interpretado por el médico tratante con los datos clínicos e histopatológicos; la indicación de terapias depende del tipo tumoral, de las aprobaciones regulatorias vigentes y del juicio clínico.